第一階段完成，第二階段隨之展開。
李居胥對活下來的人馬做了調整，二級、三級、四級和五級獵人，堅守城墻，以戰斗為主，一級、見習獵人和普通人主要充當后勤，輔助戰斗。
清理尸體、殺毒、滅菌、恢復交通等等。
在這些之前，還做了一個動作，清除下水道、排污管道內的嚙齒鼠，這方面李居胥有經驗，通水之后通電，三秒鐘的時間，不知道殺死了多少嚙齒鼠，因為是在下水道內，數量無法統計，效果卻是看得見的，之后基地內，再也沒有大量出現工兵鼠了。都是一些藏在隱秘角落的工兵鼠，冷不丁冒出來，數量很少。
這次清理是地毯式的，徹徹底底，不留死角，因此，也清理出來了之前不曾發現的驚喜，比如，幸存者。
“你們藏得可真夠深的，我們在外面放炮你們沒有聽見嗎？”地下室被打開，張甫看著卷縮在潮濕地上的數十人，一個個餓得跟干尸似的，臉上沒有肉，顯得眼睛格外的大。
這些人為了盡可能減少體力消耗，每天都是躺著，能不動就不動，很多人太長時間沒有說話，聲音都是干巴巴的。
“你們吃什么活下來的？”張甫好奇
然后就看見了隔間內的幾袋面粉和掛面，因為沒有做飯的工具，同時也擔心驚動嚙齒鼠，這些人和著水生吃。
也多虧了地下室通了自來水。
不找不知道，陸陸續續救出來了一千多人，不過，一個個狀態都不好，很多人是被抬出來的，別說走路，坐都坐不穩。
他們也就運氣好沒有被嚙齒鼠找到，否則都會被咬死。
車隊第三趟拉著物資離開，城南的清理工作已經完成，轉移到了城西。感受最明顯的變化就是空氣清醒了，濃郁的令人作嘔的腐臭味基本上聞不到了。
“老祖宗在上，我終于挺過來了，重活一世，老天待我不薄！”曾玄真長長一口氣呼出，長達三分鐘，再吸了一口新鮮的空氣，通體舒泰。
他走出城外的時候，不少人如見鬼魅。
“曾屠夫，我沒看錯吧，不是說他死了嗎？尸體都腐爛了，這是人是鬼？”
“我去，竟然還活著！命可真大。”
“不科學啊，我記得他是最早感染瘟疫的人之一，不是說第一時間就送去火化了嗎？難道傳言都是騙人的？”
……
正所謂大難不死必有后福，曾玄真展現出來的戰斗力令石破甲大為震驚，另外一個方向的獅王袁穹奇停下了腳步，盯著他看了好一會兒。
曾玄真的兵器是青龍偃月刀，就是關二爺的武器，招式大開大闊，氣勢萬鈞。他的出招速度極快，當你看見刀光的時候，實際上已經是殘影了，他的刀勢已經完成。
工兵鼠往往還在沖刺加速階段，都還沒有達到最高速，已經被一刀兩斷了。從遠處看，曾玄真卷起一條血霧，宛如血色長龍。
一輛履帶式戰車從曾玄真的邊上經過，碾壓出一條血痕，有心的獵人對比了一下，戰車的速度快于曾玄真，但是消滅的工兵鼠數量不及曾玄真的十分之一，工兵鼠是會跑的。看見戰車壓過來，大部分工兵鼠會跑開，只有少部分工兵鼠頭鐵試圖硬扛履帶。曾玄真不然，青龍偃月刀籠罩的范圍足有3.5米，殺傷力極強。
曾玄真的出手，極大地鼓舞了3號基地的獵人，一個個打了雞血似的，竟然有反攻工兵鼠的跡象。
“能問你一個問題嗎？”石破甲忍了很久，還是沒忍住。
“什么？”陶六指的聲音干巴巴的，熟悉的人一定認為他不情不愿，實際上，他說話一直如此。
“9號基地對付工兵鼠都是這么……輕松的嗎？”石破甲問出這個問題的時候，表情很復雜。
“很難嗎？”陶六指一句反問讓石破甲后面的話都說不出來了。
他也搞不懂是為什么，工兵鼠還是原來的工兵鼠，他們也還是原來的他們，可是，李居胥沒有來之前，工兵鼠在大家眼中就是洪荒猛獸，廝殺的過程中，工兵鼠占據絕對的上風，3號基地死傷慘重，李居胥來了之后，他們卻能把工兵鼠殺得節節敗退，工兵鼠一下子變得不可怕了，充其量就是大一點的耗子，數量多一點，僅此而已。
問題出在哪里呢？
不僅他想不通，所有3號基地的獵人都想不通，不過，大部分獵人是沒有時間考慮這些的，他們見到有機會消滅工兵鼠拼了命的攻擊，希望早點把工兵鼠消滅，沒有時間想其他的問題。
李居胥除了開頭兩天出手后，后面就比較少出手了，他在考慮拿下東城區的問題。第一大糧倉在東城區，醫院在東城區，行政區在東城區，經濟的核心區在東城區……3號基地最重要的地方是東城區，他縱然拿下了四分之三的面積，東城區沒到手，就不算控制了3號基地。
瘟疫在3號基地爆發的時候，有機會離開的獵人都離開了，沒有離開的，原因就復雜了，其中就有一部分行政人員留下來了，為首的是副站長賈勛鋼和原第一軍團副團長渦輪機，這個渦輪機的來頭很大，張寇闕就是他提拔起來的。他們控制了醫院，與工兵鼠周旋斗爭，時不時力所能及為其他受困者送去糧食和彈藥，但是基地內抵抗工兵鼠最大的一股力量。
李居胥帶著人回來救援3號基地，賈勛鋼和渦輪機是很開心的，他們派出了醫療團隊協助李居胥等人。但是沒有開心多久，就發現不對勁，李居胥這可不是救援那么簡單，他是要鳩占鵲巢啊，賈勛鋼和渦輪機就不樂意了，合作隨之結束。
之后的發展驗證了賈勛鋼和渦輪機的猜測，李居胥快速蠶食基地的地盤，可是，他們卻毫無辦法，他們走出東城區都困難，更不用說阻攔李居胥的動作。
李居胥對南城區、北城區和西城區的城墻都做了防御，護城河和鐵絲網，唯獨東城區的城墻沒有任何防御，于是，工兵鼠都跑到東城區去了。
東城區壓力大增，卻不知道發生了什么事，每一天都是在煎熬，每天都在考慮要不要向李居胥低頭求援，
終于，深夜醫院扛不住了，渦輪機拿著大喇叭喊話，要見李居胥。